داستان این بازی وفادار به یکی از کمیک های لاکپشت های نینجا و البته همانند سریال پخش شده اش می باشد . اما تا الان سازندگان فقط از یک قطب داستان صحبت کرده اند و یک گروه را دشمن نینجاهای ما قرار داده اند . داستان اصلی بازی در مورد گروه دوم دشمنان است ؛ یعنی همان هایی که باعث جهش شدند . ماجرا از این قرار است که گروهی فضایی از دریچه ای در سیاره ی خود وارد سیاره ی زمین و البته نیویورک می شوند و می خواهند ماده ای را روی زمینی ها آزمایش کنند . این ماده ی صورتی رنگ چیزی است که باعث جهش هر انسانی می شود . بعد از اینکه گروه نینجای ما با این ها مواجه می شود ، تصمیم می گیرند که جلوی کارهایشان و تبدیل شدن مردم به جهش یافته ها را بگیرند. در داستان ما با فضایی ها و ماده ی جهش زا رو به رو می شویم ، فضایی ها موجوداتی شبیه هشت پا و مغز انسان هستند که درون ربات هایی به عنوان بدن قرار می گیرند. در کنار این فضایی ها و ماده ی جهش زایشان ، مطمئنا ما با خود جهش یافته ها هم رو به رو می شویم ، انسان های بد یا خوبی که جهش می یابند و تبدیل به دشمنان ما می شوند. شردر دومین و همچنین دیرینه ترین دشمن برای گروه نینجای ما است . توضیحات مربوط به این شخصیت در ابتدای متن گفته شده ، پس بهتر است به نوچه های این گونه ی قدرتمند بپردازیم . نینجاهای شردر ، که در تمامی کمیک ها به یک شکل هستند ، تا الان در نمایش های بازی مورد ضرب و شتم چهار لاکپشت قرار گرفته اند . البته بین این نینجاها ممکن است گهگاهی با افرادی قویتر و خاص تر هم رو به رو شوید .